Thomas Indermühle est né à Bern en 1951, au sein d’une famille de musiciens. Il a étudié avec Heinz Holliger à la Hochschuhle de Freiburg in Breisgau puis avec Maurice Bourgue à Paris.
Hautbois solo pendant plusieurs années de l’Orchestre de Chambre des Pays Bas, à Amsterdam, et de l’Orchestre de Chambre de Rotterdam, il est lauréat en 1974 du Concours International de Prague et en 1976 du Concours International de l’ARD à Munich. Depuis, il se produit en soliste partout en Europe, aux USA, au Canada, au Mexique, au Japon, en Corée et en Australie. De grands compositeurs tels que Manfred Trojahn, Wolfgang Rihm, Akira Nishimura et David Philip Hefti lui ont dédié des concertos. Il accorde une place importante également à son « Ensemble Couperin » ainsi qu’à ses activités de chef d’orchestre et de pédagogue. Thomas Indermühle enseigne le hautbois à la Hochschule de Munich depuis 1984 et à celle de Karlsruhe depuis 1989.
Il a enregistré pour Philips, EMI, Claves, Novalis et Camerata Tokyo.